Kết quả điều tra sâu rộng hành động tấn công cho thấy có khả năng can dự của bốn bị cáo mang tên Afzal Guru, Shaukat Hussain và S.A.R. Gilani và Navjot Sandhu hay Afsan. Một số người khác bị tuyên bố là tội phạm là các thủ lĩnh của tổ chức chiến binh bất hợp pháp mang tên Jaish-e-Mohammed. Sau khi kết thúc điều tra, cơ quan điều tra nộp báo cáo theo Điều 173 của Luật Tố tụng hình sự Ấn Độ 1973 chống bốn cá nhân bị cáo buộc vào ngày 14 tháng 5 năm 2002. Các lời buộc tội được đặt trong khung các điều khoản khác nhau của luật hình sự Ấn Độ, đạo luật Ngăn ngừa khủng bố năm 2002, và đạo luật Chất nổ.

Tòa án Đặc biệt được chỉ định có chủ tọa là S. N. Dhingra. Bị cáo được xét xử trong một phiên tòa kéo dài trong khoảng sáu tháng. 80 nhân chứng được thẩm vấn cho bên nguyên và 10 nhân chứng được thẩm vấn nhân danh bị cáo S.A.R. Gilani. Khoảng 300 văn kiện được đệ trình. Afzal Guru, Shaukat Hussain và S.A.R. Gilani bị kết án phạm tội theo các điều trong POTA và Đạo luật Chất nổ. Bị cáo 1 và 2 cũng bị kết án theo Điều 3(4) của POTA.[12]

Bị cáo số 4 là Navjot Sandhu hay Afsan được trắng án trước các lời buộc tội ngoại trừ một cáo buộc theo điều 123 IPC theo đó cô bị kết tội và chịu án giam cầm nghiêm ngặt trong 5 năm và trả tiền phạt. Án tử hình được tuyên cho ba bị cáo khác do phạm tội theo điều 302 read with Section 120B IPC và điều 3(2) của POTA. Họ cũng bị kết án tù chung thân do tám tội theo các điều khoản của IPC, POTA và Đạo luật Chất nổ cùng nhiều khoản tiền phạt khác. Khoản tiền một triệu rupee Ấn Độ lấy từ tài sản của hai bị cáo Afzal Guru và Shaukat Hussain bị sung công cho nhà nước theo điều 6 của POTA.[12]

Trong phiên phúc thẩm, tòa án tối cao sau đó tha bổng S. A. R Geelani và Afsan, song giữ án tử hình của Shaukat và Afzal. Tha bổng Geelani để một lỗ hổng trong bản tố tụng của cuộc tấn công nghị viện. Ông được trình bày như kẻ chủ mưu của toàn bộ cuộc tấn công. Geelani, một giảng viên trẻ tại Đại học Delhi nhận được ủng hộ từ các đồng nghiệp và bạn bè, những người chắc chắn rằng ông bị gán tội. Họ liên lạc với luật sư nổi tiếng Nandita Haksar và yêu cầu bà nhận vụ kiện.

Shaukat Hussain được phóng thích trước thời hạn chín tháng do "cư xử tốt".[13][14]